Để tránh quảng cáo thổi phồng In Utero, DGC Records chọn cách quảng bá rất giản dị. Trước khi album ra mắt, giám đốc marketing của họ tiết lộ với Billboard là họ đã lên một chiến dịch tương tự như Nevermind, và hãng đĩa sẽ "sắp đặt mọi thứ, hụp xuống, và tránh đường luôn." Đối tượng quảng cáo của hãng đĩa là thị trường và báo chí nhạc alternative. Album cũng được phát hành dưới dạng đĩa than như một phần của chiến lược này.[71] Trái với album trước, hãng đĩa không phát hành đĩa đơn của In Utero tại Hoa Kỳ vì mục đích thương mại.[13] DGC đã gửi đĩa đơn quảng cáo Heart-Shaped Box tới các đài phát thanh trường đại học, modern rock và album-oriented rock vào đầu tháng 9, những hãng đĩa không nhắm đến đài phát thanh Top 40.[71] Tuy được hãng đĩa quảng cáo nhưng ban nhạc đã yên trí là In Utero sẽ không thành công như Nevermind. Cobain thổ lộ với Jim DeRogatis, "Bọn tôi chắc chắn sẽ bán không được một phần tư [Nevermind], và bọn tôi thấy hoàn toàn thoải mái vì bọn tôi rất thích đĩa nhạc này."[72]

In Utero được phát hành vào ngày 13 tháng 9 năm 1993 dưới dạng đĩa than và cassette tại Anh, và ngày 14 tháng 9 năm 1993 dưới dạng đĩa than tại Hoa Kỳ, trong đó đĩa than tại Hoa Kỳ chỉ được phát hành 25.000 bản.[73][74] Album được phát hành dưới dạng CD tại Anh vào ngày 14 tháng 9, nhưng phải đến ngày 21 tháng 9 thì nó mới được phát hành đầy đủ ở nội địa.[73] Phiên bản châu Âu và Úc của In Utero được ra mắt trong cùng tháng, chứa một ca khúc ẩn bổ sung là "Gallons of Rubbing Alcohol Flow Through the Strip"[75] và trên bìa có dán hàng chữ "Ca khúc bổ sung độc quyền quốc tế,"[76] nhưng tập lời nhạc ghi bài hát này là "Ca khúc ưu đãi mua bằng đồng đô la Mỹ mất giá." Novoselic giải thích hãng thu âm "không muốn bản Hoa Kỳ của đĩa nhạc cạnh tranh với bản châu Âu. Nên bản châu Âu cần giá trị bổ sung."[18]

Trong tuần đầu tiên phát hành, In Utero đã xuất hiện trên vị trí đầu bảng Billboard 200,[77] bán được 180.000 đĩa.[78] Trong khi đó, chuỗi cửa hàng bán lẻ Wal-Mart và Kmart lại không chịu bán album. Theo tờ The New York Times, Wal-Mart nói mình không trữ album vì khách hàng thiếu nhu cầu, còn đại diện Kmart thì giải thích album "không phù hợp với danh mục hàng hóa của chúng tôi."[79] Trên thực tế, hai chuỗi cửa hàng sợ ảnh minh họa ở bìa sau album sẽ gây phản cảm cho khách hàng. DGC tu chỉnh và phát hành một phiên bản album mới cho hai chuỗi cửa hàng vào tháng 3 năm 1994. Ảnh minh họa của album này đã được chỉnh sửa, tựa bài "Rape Me" được đổi thành "Waif Me," và bản remix "Pennyroyal Tea" của Scott Litt cũng được thêm vào.[80] Phát ngôn viên của Nirvana giải thích ban nhạc quyết định sửa bìa vì hồi nhỏ Cobain và Novoselic chỉ được mua nhạc tại hai chuỗi cửa hàng này. Do đó, họ "thực lòng muốn tạo điều kiện cho những bạn nhỏ không có cơ hội tới các cửa hàng gia đình mua nhạc của chúng tôi."[81]

Tháng 10 năm 1993, Nirvana bắt đầu chuyến lưu diễn tại Mỹ đầu tiên sau hai năm để quảng bá cho album.[82] Đĩa đơn thứ hai, một đĩa split chứa hai ca khúc "All Apologies" và "Rape Me" được phát hành vào tháng 12 tại Anh.[13] Ban nhạc bắt đầu chặng lưu diễn kéo dài sáu tuần tại châu Âu vào tháng 2 năm 1994, nhưng bị hủy do Cobain bị sốc thuốc tại Roma vào ngày 6 tháng 3.[83] Cobain đồng ý cai nghiện ma túy nhưng lại mất tích không lâu sau đó. Ngày 8 tháng 4, thi thể của anh được tìm thấy tại nhà riêng ở Seattle do tự tử bằng súng.[84] "Pennyroyal Tea" đáng lẽ là đĩa đơn thứ ba của In Utero nhưng bị hủy sau khi Cobain qua đời và Nirvana tan rã; một số đĩa quảng bá giới hạn được phát hành tại Anh.[13] Ba ngày sau khi thi thể của Cobain được phát hiện, In Utero lại thăng hạng trên Billboard, từ vị trí 72 lên 27.[85]

In Utero đã được Hiệp hội Công nghiệp Ghi âm Hoa Kỳ trao chứng nhận Bạch kim năm lần nhờ bán được hơn năm triệu bản,[86] và đã bán được 4.258.000 bản tại Hoa Kỳ, theo Nielsen SoundScan.[87] Nhân kỷ niệm 20 năm ngày ra mắt album, DGC tái phát hành In Utero dưới nhiều định dạng khác nhau vào tháng 9 năm 2013.[88]